Istorija Jugoslavije i Srbije u drugoj polovini 20. veka neraskidivo je povezana sa istorijom Instituta za filozofiju i društvenu teoriju. Pucanjem sovjetskog ideološkog monolita 1948. godine, političkom i državnom emancipacijom Jugoslavije, stvaraju se uslovi za reforme i slobodnije delovanje u svim sferama društva. Uz povremene oscilacije između liberalnijih i dogmatskih tendencija, jugoslovensko društvo je otvorilo novu stranicu u globalnom poimanju socijalizma, dajući originalno tumačenje marksizma, ali i nov način funkcionisanja države i društva, ponudivši u traganju za alternativama postojećim modelima vlastiti put razvoja. Navedeni trendovi doprineli su značajnom međunarodnom ugledu Jugoslavije, a unutar države, evolutivno se otvarao prostor i za slobodniju misao. Svojom originalnošću i subverzivnim i nedogmatskim tumačenjem marksizma već početkom šezdesetih godina skrenula je na sebe pažnju grupa filozofa, sociologa i antropologa stasalih u prvim posleratnim generacijama na Beogradskom univerzitetu. Korčulanska letnja škola utemeljena 1963. godine brzo je stekla svetsku slavu i pribavila jugoslovenskom društvu epitet predvodnika slobodne filozofske misli, postavši stecište okupljanja filozofa i društvenih naučnika iz čitavog sveta, iz oba suprotstavljena hladnoratovska bloka.

Kao jedan od najvažnijih rezultata navedene kreativne saradnje bio je i časopis Praksis (1964–1974). Uz rast uticaja Škole i prestiž Praksisa u globalnim okvirima, većina njenih utemeljitelja se, iako su izrasli kao organski intelektualci i članovi KPJ⁄SKJ, distancirala od monopolističke partije. Fenomeni Korčule i Praksisa bili su paradigme jugoslovenskog trećeg puta, ali i unutrašnjih protivrečnosti društva. Mogućnost da na istom mestu, u slobodnoj i otvorenoj atmosferi, vode dijalog i polemišu marksisti i nemarksisti, naučnici socijalističkog Istoka (Lešek Kolakovski, Karel Kosik, Đerđ Lukač, Agneš Heler, Ivan Varga itd.) i kapitalističkog Zapada (Ernst Bloh, Erih From, Jirgen Habermas, Herbert Markuze itd.) – bila je neponovljiva i moguća samo u Jugoslaviji šezdesetih godina. Takođe, svojim tumačenjima i ideologije i društvene stvarnosti, praksisovci su realno uticali na derogiranje političkih monopola u društvu, stvarajući šezdesetih godina 20. veka osnove za nastanak razvijenog disidentskog pokreta u Jugoslaviji. Svojim naučnim radom kreirali su i novu istraživačku paradigmu. Već 1960. na Bledskoj konferenciji odbačena je teorija odraza i kritikovan dijalektički materijalizam, a u jugoslovenskoj filozofiji legitimisana su nova istraživačka polja poput otuđenja i prakse i započeto je izučavanje zapadnih, do tada ideološki proskribovanih, teorijskih koncepata.

U ovom periodu, vrhunac društvenog uticaja filozofske grupe okupljene oko Korčulanske letnje škole i časopisa Praksis, bile su velike studentske demonstracije u junu 1968. u više jugoslovenskih univerzitetskih centara. Najdramatičnija zbivanja su se odigrala u Beogradu pod uticajem subverzivnih profesora Filozofskog fakulteta okupljenih oko Praksisa. Junska pobuna 1968. bila je prvo i najveće javno manifestovanje neslaganja sa političkim monopolom SKJ, koju su povele generacije rođene i vaspitavane u socijalizmu. Profesori čija je filozofska misao, ali i praktična akcija, inspirisala revolucionarnu 1968. u Jugoslaviji, bili su iz samog vrha države i partije označeni kao neprijatelji. Njihov politički izgon posebno pojačan nakon definitivnog zaokreta političke nomenklature ka dogmatizmu 1971⁄72. godine, završen je lex specialisom koji je u januru 1975. izglasala Skupština Srbije. Osmoro nastavnika Filozofskog fakulteta koji su politički optuženi za studentsku pobunu, 1975. su uklonjeni iz nastave: Mihailo Marković, Zagorka Golubović, Dragoljub Mićunović, Miladin Životić, Ljubomir Tadić, Svetozar Stojanović, Nebojša Popov i Trivo Inđić. Prethodno, 1974. država je prestala da izdvaja sredstva iz budžeta za funkcionisanje Korčulanske letnje škole i za izdavanje časopisa Praksis, čime se gase fundamentalna uporišta društvene i filozofske misli, ali i disidentskog pokreta.

Osmoro nastavnika uklonjenih iz nastave sa Filozofskog fakulteta, nakon šest godina, 1981. i formalno je dobilo otkaze. Međutim, zbog pritiska kritičke javnosti u zemlji, ali i van nje i zbog velikog broja pravnih presedana koji su u ovom slučaju učinjeni, odlučeno je da se nepodobni profesori (M. Marković, Z. Golubović, D. Mićunović, M. Životić, Lj. Tadić, S. Stojanović, N. Popov) stave pod okrilje Centra za filozofiju i društvenu teoriju koji je 1981. osnovan pri Institutu društvenih nauka. Naredne decenije, do 1992. godine, kada prerasta u samostalni institut, u Centru su zaposleni uticajni i, takođe, politički stigmatizovani društveni teoretičari: Božidar Jakšić, Vojislav Koštunica, Zoran Đinđić, Vesna Pešić, Laslo Sekelj itd. Jedno od najvažnijih ostvarenja u tom periodu bio je časopis Praxis International (1981–1993) koji je, iako nije dostigao globalnu slavu istoimenog časopisa iz šezdesetih godina, bio mesto na kome su objavljivali vodeći angažovani društveni teoretičari u svetu.

Prelomni politički događaji urušavanja evropskog socijalizma i sovjetske dominacije istočnom Evropom u Jugoslaviji su iznova u sam centar zbivanja stavili nekadašnje disidente, sada okupljene oko Centra za filozofiju i društvenu teoriju. U osvit političkog pluralizma na samom kraju osamdesetih godina, većina novostvorenih partijskih struktura je u svom vrhu imala grupu okupljenu oko Centra za filozofiju i društvenu teoriju. Mihailo Marković postao je potpredsednik vladajuće SPS i njen glavni ideolog; Dragoljub Mićunović izabran je za predsednika Demokratske stranke, jedne od prvih opozicionih stranaka u Srbiji; Nebojša Popov je bio jedan od lidera poslednjeg pokušaja stvaranja jugoslovenske alternative, UJDI-ja; Miladin Životić stao je na čelo Beogradskog kruga, stožerne antiratne organizacije u Srbiji; Svetozar Stojanović je postao specijalni savetnik prvog predsednika SR Jugoslavije, Dobrice Ćosića. Upravo u to vreme, 12. februara 1992. Centar je postao samostalni Institut za filozofiju i društvenu teoriju. I pre i posle toga, osim aktivnog javnog angažmana zaposlenih, u najboljoj tradiciji Korčulanske škole, Institut organizuje zapažene i dobro posećene međunarodne naučne konferencije sa najprestižnijim kritičkim intelektualcima iz čitavog sveta.

Ni pokreti za demokratizaciju Srbije devedesetih godina 20. veka i borba protiv autoritarnog režima Slobodana Miloševića nisu prošli bez angažmana zaposlenih u IFDT-u. Opozicioni lideri: Zoran Đinđić (Demokratska stranka), Vesna Pešić (Građanski savez Srbije) i Vojislav Koštunica (Demokratska stranka Srbije) bili su izvesno vreme istraživači u IFDT-u, poslednji i na mestu upravnika Centra. Naposletku, društveni i politički angažman IFDT-a rezultirao je istorijskom činjenicom da su prvi demokratski izabrani predsednik SR Jugoslavije (V. Koštunica) i prvi demokratski predsednik Vlade Srbije (Z. Đinđić) potekli upravo sa IFDT-a. Teško bi bilo nabrojati sve angažovane intelektualce i društvene naučnike u to vreme, čiji je doprinos humanističkoj misli, ali i angažovanoj praksi neuporediv, koji su prošli kroz ovaj Institut. Stvarajući istoriju, pokušavajući da unapredi društvo, menja paradigmu nauke i humanističke misli, Institut za filozofiju i društvenu teoriju temeljno je menjao i samog sebe.